Copyright
Copyright © José
Luis Lara Carrascal 2014-2019 
Sumario
Introducción
NumPy
SciPy
Enlaces
Introducción
SciPy, es un conjunto de herrramientas de computación científica para el lenguaje de programación Python. Y se incluye en la web como manual de instalación complementario,
del manual de instalación del filtro de Gimp, IM, y de cualquier otra aplicación futura, que requiera de esta dependencia para su ejecución.
NumPy
Instalación
Dependencias
Herramientas
de Compilación
Entre paréntesis la
versión con la que se ha compilado NumPy para la
elaboración de este documento.
* GCC - (9.2.0)
* Cython - (0.29.13)
Librerías
de Desarrollo
* Python - (2.7.16)
* OpenBLAS - (0.2.20) o ATLAS - (3.10.2)
Descarga
numpy-1.16.5.tar.gz
Optimizaciones
$ export
{C,CXX,FC}FLAGS='-O3 -march=amdfam10 -mtune=amdfam10'
|
| Donde pone amdfam10
se indica el procesador respectivo de cada sistema
seleccionándolo de la siguiente tabla: |
* La opción '-march=' establece el procesador mínimo con el que funcionará el programa compilado, la opción '-mtune=' el procesador específico para el que será optimizado.
* Los valores separados por comas, son equivalentes, es decir, que lo mismo da poner '-march=k8' que '-march=athlon64'.
* En versiones de GCC 3.2 e inferiores se utiliza la opción '-mcpu=' en lugar de '-mtune='.
|
| Valores |
CPU |
| Genéricos |
| generic |
Produce un código
binario optimizado para la mayor parte de procesadores existentes.
Utilizar este valor si no sabemos el nombre del procesador que
tenemos en nuestro equipo. Este valor sólo es aplicable en
la opción '-mtune=', si utilizamos GCC. Esta opción está disponible a
partir de GCC 4.2. |
| native |
Produce un código
binario optimizado para el procesador que tengamos en nuestro sistema,
siendo éste detectado utilizando la instrucción cpuid.
Procesadores antiguos pueden no ser detectados utilizando este valor.
Esta opción está disponible a
partir de GCC 4.2. |
| x86-64 |
Procesador genérico con extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 8. |
| Intel |
| atom |
Intel Atom
con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3 y
extensiones 64-bit. Esta opción está disponible
desde GCC 4.6, hasta GCC 4.8. A partir de GCC 4.9 se utiliza la definición bonnell. |
| bonnell |
Intel Bonnell con soporte de instrucciones
MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3 y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| broadwell |
Intel Broadwell con soporte de instrucciones
MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT,
AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2,
F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| cannonlake |
Intel Cannonlake Server con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, PKU, AVX, AVX2, AES, PCLMUL,
FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW,
CLFLUSHOPT, XSAVEC, XSAVES, AVX512F, AVX512VL, AVX512BW, AVX512DQ,
AVX512CD, AVX512VBMI, AVX512IFMA, SHA, UMIP y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 8. |
| cascadelake |
Intel Cascadelake con
soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1,
SSE4.2, POPCNT, PKU, AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI,
BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW, CLFLUSHOPT, XSAVEC, XSAVES,
AVX512F, CLWB, AVX512VL, AVX512BW, AVX512DQ, AVX512CD, AVX512VNNI y
extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 9. |
| core2 |
Intel Core2
con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3 y
extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.3. |
| core-avx2 |
Intel Core (Haswell). Esta opción está disponible desde GCC 4.6, hasta GCC 4.8. A partir de GCC 4.9 se utiliza la definición haswell. |
| core-avx-i |
Intel Core (ivyBridge)
con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3,
SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, AVX, AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, F16C y
extensiones 64-bit. Esta opción está disponible
desde GCC 4.6, hasta GCC 4.8. A partir de GCC 4.9 se utiliza la definición ivybridge. |
| corei7 |
Intel Core i7 con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3,
SSSE3, SSE4.1 y SSE4.2 y extensiones 64-bit. Soporta también los procesadores Intel
Core i3 e i5. Esta opción está disponible desde GCC 4.6, hasta GCC 4.8. A partir de GCC 4.9 se utiliza la definición nehalem. |
| corei7-avx |
Intel Core i7 con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3,
SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, AVX, AES y PCLMUL y
extensiones 64-bit. Soporta también los
procesadores Intel Core i3 e i5. Esta opción está disponible desde GCC 4.6, hasta GCC 4.8. A partir de GCC 4.9 se utiliza la definición sandybridge. |
| goldmont |
Intel Goldmont con soporte
de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2,
POPCNT, AES, PCLMUL, RDRND, XSAVE, XSAVEOPT, FSGSBASE y extensiones
64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 9. |
| goldmont-plus |
Intel Goldmont Plus con
soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1,
SSE4.2, POPCNT, AES, PCLMUL, RDRND, XSAVE, XSAVEOPT, FSGSBASE, PTWRITE,
RDPID, SGX, UMIP y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 9. |
| haswell |
Intel Haswell con soporte de instrucciones
MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT,
AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2,
F16C y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| i386 |
Intel i386.
|
| i486 |
Intel i486. |
| i586, pentium |
Intel Pentium sin soporte de instrucciones MMX. |
| i686 |
Produce un código binario optimizado para la mayor parte de
procesadores compatibles con la serie 80686 de Intel. Todos los actuales lo son. |
| icelake-client |
Intel Icelake Client con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, PKU, AVX, AVX2, AES, PCLMUL,
FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW,
CLFLUSHOPT, XSAVEC, XSAVES, AVX512F, AVX512VL, AVX512BW, AVX512DQ,
AVX512CD, AVX512VBMI, AVX512IFMA, SHA, CLWB, UMIP, RDPID, GFNI,
AVX512VBMI2, AVX512VPOPCNTDQ, AVX512BITALG, AVX512VNNI, VPCLMULQDQ,
VAES y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 8. |
| icelake-server |
Intel Icelake Server con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, PKU, AVX, AVX2, AES, PCLMUL,
FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW,
CLFLUSHOPT, XSAVEC, XSAVES, AVX512F, AVX512VL, AVX512BW, AVX512DQ,
AVX512CD, AVX512VBMI, AVX512IFMA, SHA, CLWB, UMIP, RDPID, GFNI,
AVX512VBMI2, AVX512VPOPCNTDQ, AVX512BITALG, AVX512VNNI, VPCLMULQDQ,
VAES, PCONFIG, WBNOINVD y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 8. |
| intel |
Intel Haswell y Silvermont. Este valor sólo es aplicable en
la opción '-mtune='. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| ivybridge |
Intel Ivy Bridge con soporte de instrucciones
MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX,
AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, F16C y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| knl |
Intel Knights Landing con soporte de instrucciones
MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX, AVX2,
AES, PCLMUL, FSGSBASE, RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX,
PREFETCHW, AVX512F, AVX512PF, AVX512ER y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 5. |
| knm |
Intel Knights Mill con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2,
SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE,
RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW, AVX512F,
AVX512PF, AVX512ER, AVX512CD, AVX5124VNNIW, AVX5124FMAPS,
AVX512VPOPCNTDQ y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 8. |
| lakemont |
Intel Quark Lakemont MCU, basado en el procesador Intel Pentium. Esta opción está disponible a partir
de GCC 6. |
| nehalem |
Intel Nehalem con soporte de instrucciones MMX,
SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT y extensiones
64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| nocona |
Versión mejorada de Intel Pentium4 con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3 y extensiones 64-bit. |
| pentiumpro |
Intel PentiumPro. |
| pentium2 |
Intel Pentium2 basado en PentiumPro con soporte de instrucciones MMX. |
| pentium3, pentium3m |
Intel Pentium3 basado en PentiumPro con soporte de instrucciones MMX y SSE. |
| pentium4, pentium4m |
Intel Pentium4 con soporte de instrucciones MMX, SSE y SSE2. |
| pentium-m |
Versión de bajo
consumo de Intel Pentium3 con soporte de instrucciones MMX, SSE y SSE2.
Utilizado por los portátiles Centrino. |
| pentium-mmx |
Intel PentiumMMX basado en Pentium con soporte de instrucciones MMX. |
| prescott |
Versión mejorada de Intel Pentium4 con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2 y SSE3. |
| sandybridge |
Intel Sandy Bridge con soporte de instrucciones
MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX,
AES, PCLMUL y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| silvermont |
Intel Silvermont con soporte de instrucciones
MOVBE, MMX, SSE, MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1,
SSE4.2, POPCNT, AES, PCLMU, RDRND y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| skylake |
Intel Skylake con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2,
SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE,
RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW, CLFLUSHOPT,
XSAVEC, XSAVES y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 6. |
| skylake-avx512 |
Intel Skylake Server
con soporte de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2,
SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AVX, AVX2, AES, PCLMUL, FSGSBASE,
RDRND, FMA, BMI, BMI2, F16C, RDSEED, ADCX, PREFETCHW, CLFLUSHOPT,
XSAVEC, XSAVES, AVX512F, AVX512VL, AVX512BW, AVX512DQ, AVX512CD y
extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 6. |
| tremont |
Intel Tremont con soporte
de instrucciones MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2,
POPCNT, AES, PCLMUL, RDRND, XSAVE, XSAVEOPT, FSGSBASE, PTWRITE, RDPID,
SGX, UMIP, GFNI-SSE, CLWB, ENCLV y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a
partir de GCC 9. |
| westmere |
Intel Westmere con soporte de instrucciones
MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, POPCNT, AES,
PCLMUL y extensiones 64-bit. Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.9. |
| AMD |
| amdfam10, barcelona |
Procesadores basados en
AMD Family 10h core con soporte de instrucciones x86-64 (MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSE4A, 3DNow!, enhanced 3DNow!, ABM y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir de GCC 4.3. |
| athlon, athlon-tbird |
AMD Athlon con soporte de instrucciones MMX, 3DNow!, enhanced 3DNow! y SSE prefetch. |
| athlon4, athlon-xp, athlon-mp |
Versiones mejoradas de AMD Athlon con soporte de instrucciones MMX, 3DNow!, enhanced 3DNow! y full SSE. |
| bdver1 |
Procesadores basados en
AMD Family 15h core con soporte de instrucciones x86-64 (FMA4, AVX, XOP, LWP, AES, PCL_MUL, CX16, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSE4A, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, ABM y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.7. |
| bdver2 |
Procesadores basados en
AMD Family 15h core con soporte de instrucciones x86-64 (BMI, TBM, F16C, FMA, LWP, AVX, XOP, LWP, AES, PCL_MUL, CX16, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSE4A, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, ABM y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.7. |
| bdver3 |
Procesadores basados en
AMD Family 15h core con soporte de instrucciones x86-64 (FMA4, AVX, XOP, LWP, AES, PCL_MUL, CX16, MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSE4A, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, ABM y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.8. |
| bdver4 |
Procesadores basados en AMD Family 15h core con soporte de instrucciones x86-64
(BMI, BMI2, TBM, F16C, FMA, FMA4, FSGSBASE, AVX, AVX2, XOP,
LWP, AES, PCL_MUL, CX16, MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSE4A,
SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, ABM y extensiones 64-bit). Esta opción está
disponible a partir de GCC 4.9. |
| btver1 |
Procesadores basados en
AMD Family 14h core con soporte de instrucciones x86-64 (MMX, SSE,
SSE2, SSE3, SSE4A, CX16, ABM y extensiones 64-bit). Esta opción está disponible a partir
de GCC 4.6. |
| btver2 |
Procesadores basados en
AMD Family 16h core con soporte de instrucciones x86-64 (MOVBE, F16C,
BMI, AVX, PCL_MUL, AES, SSE4.2, SSE4.1, CX16, ABM, SSE4A, SSSE3, SSE3,
SSE2, SSE, MMX y extensiones 64-bit). Esta opción
está disponible a partir
de GCC 4.8. |
| geode |
AMD integrado con soporte de instrucciones MMX y 3DNow!. Esta opción está disponible a partir de GCC 4.3. |
| k6 |
AMD K6 con soporte de instrucciones MMX. |
| k6-2, k6-3 |
Versiones mejoradas de AMD K6 con soporte de instrucciones MMX y 3DNow!. |
| k8, opteron, athlon64, athlon-fx |
Procesadores basados en
AMD K8 core con soporte de instrucciones x86-64 (MMX, SSE, SSE2,
3DNow!, enhanced 3DNow! y extensiones 64-bit). |
| k8-sse3, opteron-sse3, athlon64-sse3 |
Versiones mejoradas de
AMD K8 core con soporte de instrucciones SSE3. Esta opción
está disponible a partir de GCC 4.3. |
| znver1 |
Procesadores basados en
AMD Family 17h core con soporte de instrucciones x86-64 (BMI, BMI2,
F16C, FMA, FSGSBASE, AVX, AVX2, ADCX, RDSEED, MWAITX, SHA, CLZERO, AES,
PCL_MUL, CX16, MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSE4A, SSSE3, SSE4.1,
SSE4.2, ABM, XSAVEC, XSAVES, CLFLUSHOPT, POPCNT y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir de GCC 6. |
| znver2 |
Procesadores basados en
AMD Family 17h core con soporte de instrucciones x86-64 (BMI, BMI2,
,CLWB, F16C, FMA, FSGSBASE, AVX, AVX2, ADCX, RDSEED, MWAITX, SHA,
CLZERO, AES, PCL_MUL, CX16, MOVBE, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSE4A, SSSE3,
SSE4.1, SSE4.2, ABM, XSAVEC, XSAVES, CLFLUSHOPT, POPCNT y extensiones
64-bit). Esta opción está disponible a partir de GCC 9. |
| VIA |
| c3 |
VIA C3 con soporte de instrucciones MMX y 3DNow! (no se implementa planificación para este chip). |
| c3-2 |
VIA C3-2 (Nehemiah/C5XL) con soporte de instrucciones MMX y SSE (no se implementa planificación para este chip). |
| c7 |
VIA C7 (Esther) con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2 y SSE (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| eden-x2 |
VIA Eden X2 con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2 y SSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| eden-x4 |
VIA Eden X4 con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3, SSE4.1, SSE4.2, AVX y AVX2 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| esther |
VIA Eden Esther con soporte de instrucciones MMX, SSE, SSE2 y SSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano |
VIA Nano genérico con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3 y SSSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano-1000 |
VIA Nano 1xxx con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3 y SSSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano-2000 |
VIA Nano 2xxx con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3 y SSSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano-3000 |
VIA Nano 3xxx con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3, SSSE3 y SSE4.1 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano-x2 |
VIA Nano Dual Core con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3 y SSSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| nano-x4 |
VIA Nano Quad Core con soporte de instrucciones x86-64, MMX, SSE, SSE2, SSE3 y SSSE3 (no se implementa planificación para este chip). Esta opción está disponible a partir de GCC 7. |
| IDT |
| winchip2 |
IDT Winchip2, que equivale a un i486 con soporte de instrucciones MMX y 3DNow!. |
| winchip-c6 |
IDT Winchip C6, que equivale a un i486 con soporte de instrucciones MMX. |
Optimizaciones adicionales
| Optimizaciones adicionales |
Graphite
|
$ export {C,CXX,FC}FLAGS+=' -floop-interchange -ftree-loop-distribution -floop-strip-mine -floop-block' |
IPA
|
$ export {C,CXX,FC}FLAGS+=' -fipa-pta'
|
Parámetros adicionales
| Establecer el RPATH
correspondiente si utilizamos una versión de GCC que no es
la principal del sistema |
$ export
{C,CXX,FC}FLAGS+=" -Wl,-rpath,/opt/gcc9/lib64 -lstdc++ -lgfortran" |
Sustituir /opt/gcc9/lib64
por la ruta de instalación de la versión de GCC alternativa que
se vaya a utilizar en el proceso de compilación de este
paquete. Además de esto tendremos que hacer uso de PatchELF, para establecer el RPATH correcto de algunos binarios, una vez hayamos instalado el paquete.
$ su
# find /usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy* -name '*.so' \
-type f | xargs -n1 patchelf --set-rpath /opt/gcc9/lib64
|
|
Extracción  
$ tar zxvf numpy-1.16.5.tar.gz
$ cd numpy-1.16.5
|
Configuración del soporte de ATLAS
Creamos con el comando cat un archivo con el nombre site.cfg, en el directorio raíz del código fuente de NumPy, tomando como referencia la instalación de ATLAS tratada en el manual de Refocus.
Si tenemos instalado OpenBLAS en nuestro sistema, el proceso de
compilación utilizará OpenBLAS en lugar de ATLAS.
$ cat > site.cfg << "EOF"
[atlas]
Libraries = tatlas
EOF |
Compilación
Parámetros de compilación opcionales
-j2
: Si tenemos un procesador de doble núcleo (dual-core), y el kernel
está optimizado para el mismo y es SMP, con este parámetro
aumentaremos el número de procesos de compilación
simultáneos a un nivel de 2 y aceleraremos el tiempo de compilación del programa de forma considerable.
-j4
: Lo mismo que arriba pero con procesadores de 4 núcleos (quad-core).
Instalación
como root
$ su -c "python setup.py install"
|
Estadísticas de Compilación e Instalación de NumPy
| Estadísticas de Compilación e Instalación de NumPy |
| CPU |
AMD Phenom(tm) II X4 965 Processor |
| MHz |
3415.533 |
| RAM |
4096 MB |
| Sistema de archivos |
XFS |
| Versión del Kernel |
5.2.11-ck1 SMP PREEMPT x86_64 |
| Modo de frecuencia de la CPU |
schedutil |
| Versión de Glibc |
2.30 |
| Enlazador dinámico |
GNU gold (Binutils 2.32) 1.16 |
| Compilador |
GCC 9.2.0 |
| Parámetros de optimización |
-03 -march=amdfam10
-mtune=amdfam10 -floop-interchange -ftree-loop-distribution
-floop-strip-mine -floop-block -fipa-pta |
| Parámetros de compilación |
-j4 |
| Tiempo de compilación |
3' 21" |
| Archivos instalados |
452 |
|
| Ocupación de espacio en disco |
39,5 MB |
Desinstalación
como root
1)
MODO TRADICIONAL
Si tenemos instalado pip podremos desinstalar el paquete con el siguiente comando:
$ su -c "pip2 uninstall numpy"
|
2)
MODO MANUALINUX
numpy-1.16.5-scripts.tar.gz
$ su
# tar zxvf numpy-1.16.5-scripts.tar.gz
# cd numpy-1.16.5-scripts
# ./Desinstalar_numpy-1.16.5 |
Copia de Seguridad
como root
Con este otro script creamos una copia de seguridad de los binarios
compilados, recreando la estructura de directorios de los mismos en un
directorio de copias de seguridad (copibin)
que se crea en el directorio /var. Cuando se haya creado el paquete comprimido de
los binarios podemos copiarlo como usuario a nuestro home
y borrar el que ha creado el script de respaldo, teniendo en cuenta que si queremos
volver a restaurar la copia, tendremos que volver a copiarlo al lugar
donde se ha creado.
$ su
# tar zxvf numpy-1.16.5-scripts.tar.gz
# cd numpy-1.16.5-scripts
# ./Respaldar_numpy-1.16.5 |
Restaurar la Copia de
Seguridad
como root
Y con este otro script (que se copia de forma automática
cuando
creamos la copia de respaldo del programa) restauramos la copia de
seguridad como root cuando resulte necesario.
$ su
# cd /var/copibin/restaurar_copias
# ./Restaurar_numpy-1.16.5
|
SciPy
Instalación
Dependencias
Herramientas
de Compilación
Entre paréntesis la
versión con la que se ha compilado SciPy para la
elaboración de este documento.
* GCC - (9.1.0)
* Cython - (0.29.10)
Librerías
de Desarrollo
* Python - (2.7.16)
* NumPy - (1.16.4)
* OpenBLAS - (0.2.20) o ATLAS - (3.10.2)
Descarga
scipy-1.2.2.tar.xz
Optimizaciones
Optimizaciones adicionales
| Optimizaciones adicionales |
Graphite
|
$ export {C,CXX,FC}FLAGS+=' -floop-interchange -ftree-loop-distribution -floop-strip-mine -floop-block' |
IPA
|
$ export {C,CXX,FC}FLAGS+=' -fipa-pta'
|
Parámetros adicionales
| Establecer el RPATH
correspondiente si utilizamos una versión de GCC que no es
la principal del sistema |
$ export
{C,CXX,FC}FLAGS+=" -Wl,-rpath,/opt/gcc9/lib64 -lstdc++ -lgfortran" |
Sustituir /opt/gcc9/lib64
por la ruta de instalación de la versión de GCC alternativa que
se vaya a utilizar en el proceso de compilación de este
paquete. Además de esto tendremos que hacer uso de PatchELF, para establecer el RPATH correcto de algunos binarios, una vez hayamos instalado el paquete.
$ su
# find /usr/lib64/python2.7/site-packages/scipy* -name '*.so' \
-type f | xargs -n1 patchelf --set-rpath /opt/gcc9/lib64
|
|
Extracción
$ tar Jxvf scipy-1.2.2.tar.xz
$ cd scipy-1.2.2 |
Configuración del soporte de ATLAS
Creamos con el comando cat un archivo con el nombre site.cfg, en el directorio raíz del código fuente de SciPy, tomando como referencia la instalación de ATLAS tratada en el manual de Refocus. Si
tenemos instalado OpenBLAS en nuestro sistema, el proceso de
compilación utilizará OpenBLAS en lugar de ATLAS.
$ cat > site.cfg << "EOF"
[atlas]
Libraries = tatlas
EOF |
Compilación
Parámetros de compilación opcionales
Instalación
como root
$ su -c "python setup.py install"
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Estadísticas de Compilación e Instalación de SciPy
| Estadísticas de Compilación e Instalación de SciPy |
| CPU |
AMD Phenom(tm) II X4 965 Processor |
| MHz |
3415.533 |
| RAM |
4096 MB |
| Sistema de archivos |
XFS |
| Versión del Kernel |
5.1.7-ck1 SMP PREEMPT x86_64 |
| Modo de frecuencia de la CPU |
schedutil |
| Versión de Glibc |
2.29 |
| Enlazador dinámico |
GNU gold (Binutils 2.32) 1.16 |
| Compilador |
GCC 9.1.0 |
| Parámetros de optimización |
-03 -march=amdfam10
-mtune=amdfam10 -floop-interchange -ftree-loop-distribution
-floop-strip-mine -floop-block -fipa-pta |
| Parámetros de compilación |
-j4 |
| Tiempo de compilación |
16' 23" |
| Archivos instalados |
1058 |
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| Ocupación de espacio en disco |
186,1 MB |
Desinstalación
como root
1)
MODO TRADICIONAL
Si tenemos instalado pip podremos desinstalar el paquete con el siguiente comando:
$ su -c "pip2 uninstall scipy"
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2)
MODO MANUALINUX
scipy-1.2.2-scripts.tar.gz
$ su
# tar zxvf scipy-1.2.2-scripts.tar.gz
# cd scipy-1.2.2-scripts
# ./Desinstalar_scipy-1.2.2 |
Copia de Seguridad
como root
$ su
# tar zxvf scipy-1.2.2-scripts.tar.gz
# cd scipy-1.2.2-scripts
# ./Respaldar_scipy-1.2.2 |
Restaurar la Copia de
Seguridad
como root
$ su
# cd /var/copibin/restaurar_copias
# ./Restaurar_scipy-1.2.2
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Enlaces
http://www.numpy.org >> La web de NumPy.
http://www.scipy.org >> La web de SciPy.
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